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Nato a Brooklin, New York, USA il 17 marzo 1957, John Robert Koenig sin da ragazzo sognò di viaggiare nello spazio. Il suo sogno si realizzò quando, nel 1980, da cadetto della NASA partecipò ad alcune importanti missioni spaziali. Assegnato per una prima volta alla Base Lunare Alpha nel 1996 come pilota, Koenig fu prescelto per guidare la Missione Ultra, ma alla fine gli fu preferito Tony Cellini. La missione si risolse in una tragedia, e a causa di questo fallimento, Koenig accettò un lungo periodo di servizio a Terra per poi ritornare, il 9 settembre 1999, come nono Comandante della Base. Il suo obbiettivo originario era indagare su un misterioso segnale audio di origine extraterrestre e portare per la prima volta un uomo sul pianeta Meta, fonte del segnale.

Di spirito sanguigno, Koenig sente molto la responsabilità del suo comando. La sua prima preoccupazione è sempre rivolta alla protezione della base e degli Alfani. Dotato di una mente aperta ed efficiente, e di nervi di ghiaccio, riesce sempre ad analizzare ogni problema da vari punti di vista, riuscendo a trovare una via d'uscita anche nelle situazioni più complicate.

John Koenig è stato sposato, ma sua moglie Jean rimase uccisa durante una vacanza in Svizzera, a causa dell'esplosione di ordigno termonucleare durante la Terza Guerra Mondiale, nel 1987. Su Alpha, Koenig ha stretto un forte legame con la bella dottoressa Helena Russell, alla quale però non è mai riuscito ad esternare chiaramente i propri sentimenti.